1930 metais Lietuvos Respublikos Švietimo ministro K.Šakenio įsakymu atidaryta Virkštininkų pradžios mokykla. Vedėja paskirta mokytoja Bronė Zalovskienė.

1973 metais pastatyta nauja pradinė mokykla.

1987 metais pradėjo veikti devynmetė mokykla. Direktoriumi paskirtas Povilas Nekrašas.

1988 metais nepilnoji vidurinė mokykla perorganizuota į Vydmantų vidurinę mokyklą.

1991 metais išleista I abiturientų laida. Klasės auklėtoja- Adelija Dalangauskienė.

2001-2004 metais įvykdyta mokyklos renovacija: 2002 metais pradinių klasių mokiniai pradėjo mokytis naujame korpuse, tais pačiais metais pastatyta aktų salė.